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至于为什么不用新冠病毒自己的3C-like蛋白
主要还是可用的可靠的小分子活性数据较少,而机器学习的精髓在于使用大量的数据集来训练模型,因此我们暂且使用SARS病毒来展示方法
上文说过机器学习的X数据集为高纬度的多字节分子描述符,那么Y数据集是对数级别pIC50, 而不能直接用算术级别的IC50,这一点非常重要
分子量小一点的化合物更加有可能对SARS 3C-like蛋白靶点有活性。而logP 则没有这种差异性,即在有活性和没有活性的两个组分之间,logp都差不多
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